《機動戰士特種計劃》（第2輯）／《機動戰士特種命運》是於2004年10月9日在日本的每日放送及東京放送播放，劇情是先以這輯的主角真．飛鳥與家人逃亡時，他的父母及妹妹被殺的內容作為開始，然後才繼續上一輯的內容。

片頭及片尾畫面方面則一如外界所料，無線電視方面於片頭及片尾畫面加上中文歌詞字幕，而片頭畫面之前的內容則改為於片頭畫面之後播放。

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而於無線電視官方網頁的「K100自由講」，有不少會員批評無線於《機動戰士特種命運》的片頭及片尾畫面加上中文歌詞字幕的安排，更有會員指出無線電視此舉等同助長不少觀眾轉為以非法下載方式收看這套動畫。

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其後，無線電視方面未有跟隨日本方面播放的安排，未有播放第四個片頭畫面、以及第三個及第四個片尾畫面，包括：

．原本由第26集開始播放，由 Rie fu 演唱的第三首日語版片尾曲《I Wanna Go To Place...》，及第三個片尾畫面
．原本由第38集開始播放，由 Chmistry 所唱的第四首日語版片頭曲《Wings of Words》，及第四個片頭畫面
．原本由第38集開始播放，由 See-Saw 所唱的第四首日語版片尾曲《君は僕に似ている》，及第四個片尾畫面

至於原本於第25集開始播放，由高橋瞳演唱的第三首日語版片頭曲《僕たちの行方》，及第三個片頭畫面，亦延遲至第26集才開始播放。

而原本於第50集播放的結局版本片尾畫面，及片尾畫面之後的內容亦被刪去。

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相關圖片（第四個片頭畫面）：

相關圖片（第四個片尾畫面）：

相關圖片（第50集的片尾畫面及之後的內容）：

其後於7月14日及7月21日播放第2輯的電視特別版本《機動戰士終極特種命運》，未有播放該版本的片頭，而是播回第2輯的第三個片頭畫面；至於片尾畫面方面，播放前半部份集數時是播回第2輯的第二個片尾畫面，播放後半部份集數時才播回原有的片尾畫面。

相關圖片（片頭畫面）：

相關圖片（片尾畫面）：

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